OReFiL: an Online Resource Finder for Lifesciences

Search for online resources introduced in peer-reviewed papers in lifescience (Bioinformatics, Biomedicine, etc.)

OReFiL とは?

OReFiL (オレフィル)とは Online Resource Finder for Lifesciences の略で、ピアレビュー誌で発表される論文中に記述されるオンライン資源(オンライン上に公開されている生命科学系のデータベースやソフトウェアなど)を検索するシステムです。通常の検索語に加え、MeSHタームや著者名で検索することが可能です。 OReFiL は MEDLINE のタイトルとアブストラクト、及び、PubMed 検索可能な BMC ジャーナルのフルペーパーからオンライン資源の所在を示す URL を抽出し、MeSH タームと著者名と共に索引付けを行っています。

OReFiL を使う利点とは?

日々発表されるピアレビュー誌の情報が反映された、検索語に関連の深いオンライン資源を見つけられます。
通常の検索語だけでなく、MeSH タームや著者名でも検索出来ます。
検索結果として得られたオンライン資源の信頼性について、対応する PubMed エントリや、当該資源へのリンクを持つウェブページ、当該資源の URL を引用している論文を閲覧することで簡単に確認出来ます。
各オンライン資源のウェブサイトの存否を簡単に確認出来ます。

Tips

クエリはどんな検索語でも構いません。
各検索語には次の修飾子を付けることで、その扱われ方を指定できます。
- .tiab 検索対象をタイトルとアブストラクトにする (例 apoptosis.tiab：タイトルもしくはアブストラクトにapoptosisを含む),
- .auth 検索対象を著者名をとする
- .mesh / .majr / .noexp 検索対象をMeSHタームとする。
例えば、ProteinsというMeSHタームが付けられている文書を検索したい時には、Proteins.meshと表現します。
.meshが付けられる場合はどんなMeSHヘッダーでも検索対象とします。
.majrの場合は、メジャートピックとなっているMeSHタームを検索対象とします。更にMeSHの概念階層を用いた自動クエリ拡張を行います。
.noexpの場合は、自動クエリ拡張を行わない他は.majrと同じです。
#1演算子を用いて複合語を表現できます。
#1(text mining)という形式で用い、この場合は文字通り、text miningという表現が含まれている文書を検索します。
#band演算子を用いて複数の検索語が与えられた場合の条件を指定できます。
#band(pathway apoptosis)という形式で、pathwayおよびapoptosisという二語の双方を含む文書だけを検索できます。
#filreq演算子を用いて検索対象の内容を考慮した検索条件を指定できます。
#filreq(Software.noexp #1(sequence analysis))という形式で、MeSHターム、Softwareをもつ文書集合だけを対象とし、sequence analysisという表現が含まれるものを検索します。更に、その検索結果の表示順序は、sequence analysisという表現の対象文書中における重要度に応じて決まります。
句読点は無視されます。
Databases, ProteinとDatabases Proteinは同一視されます。
記号は無視されます。
演算子の一部として用いられる場合を除き、アルファベットおよび数字以外の文字は無視されます。従って、Variation (Genetics)とVariation Geneticsは同一視されます。
動画チュートリアルがあります。
詳細な利用法についてこちらをご覧下さい。
OReFiLはLemur Toolkit (Indri)を利用しています。
詳しいクエリの表現方法はここで知ることができます。
OReFiLについての詳細を知ることができます。
オープンアクセスの論文、 BMC Bioinformatics 2007, 8:287をご覧ください。

Last index update: Dec 6, 2018