OReFiL ヘルプ

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OReFiL とは?

OReFiL とは Online Resource Finder for Lifesciences の略で、ピアレビュー誌で発表される論文中に記述されるオンライン資源(オンライン上に公開されている生命科学系のデータベースやソフトウェアなど)を検索するシステムです。 通常の検索語に加え、MeSHタームや著者名で検索することが可能です。 OReFiL は MEDLINE のタイトルとアブストラクト、及び、PubMed 検索可能な BMC ジャーナルのフルペーパーからオンライン資源の所在を示す URL を抽出し、MeSH タームと著者名と共に索引付けを行っています。

OReFiL を使う利点とは?

  1. 日々発表されるピアレビュー誌の情報が反映された、検索語に関連の深いオンライン資源を見つけられます。
  2. 通常の検索語だけでなく、MeSH タームや著者名でも検索出来ます。
  3. 検索結果として得られたオンライン資源の信頼性について、対応する PubMed エントリや、当該資源へのリンクを持つウェブページ、当該資源の URL を引用している論文を閲覧することで簡単に確認出来ます。
  4. 各オンライン資源のウェブサイトの存否を簡単に確認出来ます。

どうやってクエリを組み立てればよいですか?

クエリはアルファベット、数字、及びハイフン(-)とアンダースコア(_)で構成されるもののみが受け付けられます。句読点は無視されます。 OReFiLはブーリアンベースの検索だけでなく、言語モデルに基づく確率的推測を行う検索もサポートしており、両者はお互いに排他的に機能します。 ブーリアンベースの検索用演算子をクエリに含めれば、ブーリアンベースの検索手法が使われ、そうでない場合は言語モデルに基づく手法が使われます。

どう修飾子を使えばよいですか?

次の修飾子を用いて検索の仕方に影響を与えることが出来ます。各修飾子は、検索したいキーワードに続けて、ピリオドを挟み記述します。例えば、OReFiLに、「pathway」という語が、MEDLINEのタイトルもしくはアブストラクト中に含まれるものを検索させたいときには、クエリを、「pathway.tiab」とします。

どう演算子を使えばよいですか?

OReFiLは検索エンジンとしてLemur Toolkit(indri)を用いていますので、詳細は当該ツールキットのページ(http://www.lemurproject.org/lemur/IndriQueryLanguage.php)をご覧ください。

タイトルが次のように表示されるのはどうしてですか?

どんな検索結果を得られますか? 次に何ができますか?

"Show details"をクリックすると更に以下の情報が表示されます。

検索結果に表示される "Permalink" というリンクはなんですか?

各オンライン資源の詳細情報ページへのリンクです。
このページでは、検索結果で表示される情報に加えて、他ユーザのコメント一覧などが表示されます。

"適合性フィードバック" とはなんですか?

正確には、「ブラインド(もしくは偽)適合性フィードバック」と呼ばれている手法で、経験的により良い検索結果が得られることが知られています。
その仕組みを簡単に説明すると、一度通常の検索を行い、続いて、今行った検索結果で上位に含まれるエントリを考慮してクエリを内部的に生成し、再び検索するものです。

どうして私のページが検索結果に含まれないのですか?

恐らくPubMedに索引付けされている論文のタイトルもしくはアブストラクト中(BMCジャーナルであれば、フルペーパー中の、OReFiLが対象としているセクション中も含む)にあなたのページのURLが記述されていないからだと思います。もしよろしければ、当方まで、PMIDとURLをご連絡いただけましたら幸いです。

検索結果のソート順序はどのように変更すればよいですか?

以下の2つの方法でソート順序を指定します。

  1. 検索クエリのオプションの中の "ソート順序" から、関連度順 、更新日順、もしくは評価順を選択して検索を行う
  2. 検索結果表示の "検索結果 "..."" が表示されているヘッダの右はしの "ソート順序" のリンクをクリックする。

どんなソート方法がありますか?

検索結果のソート指定として以下の方法があります。

「新着エントリーのみ表示」オプションはどんな働きをしますか?

「新着エントリーのみ表示」にチェックを入れると、現在表示されている検索結果の中から、新着オンライン資源のみを表示します。
チェックを外すと元に戻り、全ての検索結果を表示します。

システムにサインインを行うとどんな機能を利用できるようになりますか?

サインインを行うことによってさらに以下の機能が利用可能になります。

サインインの為のアカウントはどうすれば取得できますか。

OReFiL システムにサインインするには、DBCLS OpenID アカウントが必要になります。
DBCLS OpenID アカウントは以下の URL で取得することが可能です。
https://openid.dbcls.jp/account/signup

サインインを行うにはどうすればよいですか?

OReFiL システムへサインインする場合は、画面右上の "DBCLS OpenID URL:" と記載された入力欄に DBCLS OpenID の OpenID URL を入力して、"サインイン" ボタンをクリックして下さい。
その際に、場合によっては DBCLS OpenID サービスの画面が開き、認証などを求められますので、サイトの指示に従って認証を行って下さい。

サインアウトを行うにはどうすればよいですか?

OReFiL システムからサインアウトする場合は、右上の "サインアウト" アンカーをクリックしてください。
クリック後サインアウトされます。

オンライン資源に対してレーティングを行うにはどうすればよいですか?

オンライン資源に対してレーティングを行う場合は、まずサインインを行って下さい。
サインインの後、検索結果のオンライン資源、もしくは各オンライン資源 詳細情報ページにて、"Your Rate:" 項目が付加されます。
レーティングを行うには、自分の付けたい星の上にマウスカーソルを合わせてクリックしてください。
クリック後、レーティングがサーバに登録されます。

一度登録したレーティングをキャンセルするにはどうすればよいですか?

"Your Rate:" 項目に表示されている "×" ボタンをクリックしてください。
レーティングの登録がキャンセルされます。

オンライン資源に対してコメントの追加を行うにはどうすればよいですか?

オンライン資源に対してコメントを行う場合は、まずサインインを行って下さい。
サインインの後、検索結果のオンライン資源、もしくは各オンライン資源 詳細情報ページにて、"Your Rate:" 項目が付加され、星印の右に "コメントを追加..." というアンカーが付加されます。
コメントの追加を行うには、"コメントを追加..." アンカーをクリックし、コメント入力欄を表示させて下さい。
コメント入力欄にコメント記載したら、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントがサーバーに登録され、入力したコメントが新たに画面に表示されます。

登録したコメントを修正するにはどうすればよいですか?

コメントの下に表示されている、"コメントを編集..." アンカーをクリックし、コメント編集欄を表示させて下さい。
そこに表示されているコメントを修正して、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントがサーバーに登録され、修正したコメントが画面に表示されます。

登録したコメントを削除するにはどうすればよいですか?

コメントの下に表示されている、"コメントを編集..." アンカーをクリックし、コメント編集欄を表示させて下さい。
そこに表示されているコメントを全て消して、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントが削除され、コメント表示が無くなり、コメントを追加する画面が表示されます。

他のユーザのコメントを見るにはどうすればよいですか?

オンライン資源 詳細情報ページを開いて下さい。ページ下部に最新のコメントが表示されます。

検索結果に表示されている MeSH terms の中から特定の MeSH terms だけを表示するにはどうすればよいですか?

"MeSH terms" の横にある入力欄にフィルタしたい語を指定してください。
入力した語を含む MeSH terms だけが表示されるようになります。

検索結果の Feed を取得するにはどうすればよいですか?

検索結果は Atom 及び RSS (0.91) の Feed に対応しています。 ブラウザ経由で Feed を取得するか、検索 URI の "/search" に対して ".atom" もしくは ".rss" を指定することによっても取得できます。

Atom 形式)

    /search.atom?query=genome
  

RSS 形式)

    /search.rss?query=genome
  

新たにインデックス情報に追加された資源の一覧を取得するにはどうすればよいですか?

新たにインデックス情報に追加された資源は、Feed 情報として提供されています。 ブラウザ経由でトップ画面にて Feed を取得するか、以下の URL から Feed を取得できます。

Atom 形式)

    /search/new.atom
  

RSS 形式)

    /search/new.rss
  

オンライン資源に関連した PubMed 情報一覧を取得するにはどうすればよいですか?

オンライン資源に関連した PubMed 情報一覧情報は、Feed 情報として提供されています。 ブラウザ経由で Feed を取得するか、オンライン資源 URI の "/online_resource/<ID>" に対して "<ID>.atom" もしくは "<ID>.rss" を指定することによっても取得できます。

Atom 形式)

    /online_resource/4980.atom
  

RSS 形式)

    /online_resource/4980.rss
  

オンライン資源に関連した新しい PubMed 情報一覧を取得するにはどうすればよいですか?

オンライン資源に関連した新着 PubMed 情報一覧情報は、Feed 情報として提供されています。 ブラウザ経由で Feed を取得するか、オンライン資源 URI の "/online_resource/<ID>" に対して "new/<ID>.atom" もしくは "new/<ID>.rss" を指定することによっても取得できます。

Atom 形式)

   /online_resource/new/4980.atom
 

RSS 形式)

   /online_resource/new/4980.rss
 

RSS ではエントリー毎の更新日は取得できないですか?

RSS は バージョン 0.91 で配信しており、エントリー毎に更新日をのせる事ができません。 エントリー毎に更新日が必要な場合は、Atom を取得するようにしてください。

WebAPI 経由で検索結果を取得するにはどうすればよいですか?

OReFiL システムでは WebAPI として以下のインタフェースを提供しています。 各種インタフェースに関する細かい仕様はインターフェイス仕様を参照して下さい。

WebAPI 経由でオンライン資源情報を取得するにはどうすればよいですか?

OReFiL システムでは WebAPI として以下のインタフェースを提供しています。
各種インタフェースに関する細かい仕様はインターフェイス仕様を参照して下さい。

メニューなどの表示言語はどうやったら切り替えられますか?

画面右上にある、「English」もしくは「日本語」と書かれたボタンをクリックしてください。 現在メニュー表示が日本語であれば「English」のボタンで英語メニューに、逆にメニュー表示が英語であれば「日本語」のボタンで日本語メニューに切り替わります。

また、直接 URL のホスト指定の後に /en/ や /ja/ などを指定することで、言語設定を切り替えることもできます。 言語指定が無い場合は、ブラウザの設定に応じて言語を選択します。(ACCEPT_LANGUAGE)

英語表記の場合)
    /en/search?query=genome
  
現在指定できる言語は以下です。

Taverna で SOAP API を利用することができません。

Taverna 1.7.0 以前には SOAP 機能に問題があり、OReFiL の SOAP API を利用する事ができません。 最新の Taverna ではその部分が改善されております。

このシステムを開発/メンテナンスしているのは誰ですか?

以前、東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻高木研究室(http://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/takagilab/index.html)に所属し、現在、ライフサイエンス統合データベースセンター(http://dbcls.rois.ac.jp/)に所属する山本泰智(情報理工学博士)です。