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OReFiL とは Online Resource Finder for Lifesciences の略で、ピアレビュー誌で発表される論文中に記述されるオンライン資源(オンライン上に公開されている生命科学系のデータベースやソフトウェアなど)を検索するシステムです。 通常の検索語に加え、MeSHタームや著者名で検索することが可能です。 OReFiL は MEDLINE のタイトルとアブストラクト、及び、PubMed 検索可能な BMC ジャーナルのフルペーパーからオンライン資源の所在を示す URL を抽出し、MeSH タームと著者名と共に索引付けを行っています。
クエリはアルファベット、数字、及びハイフン(-)とアンダースコア(_)で構成されるもののみが受け付けられます。句読点は無視されます。 OReFiLはブーリアンベースの検索だけでなく、言語モデルに基づく確率的推測を行う検索もサポートしており、両者はお互いに排他的に機能します。 ブーリアンベースの検索用演算子をクエリに含めれば、ブーリアンベースの検索手法が使われ、そうでない場合は言語モデルに基づく手法が使われます。
次の修飾子を用いて検索の仕方に影響を与えることが出来ます。各修飾子は、検索したいキーワードに続けて、ピリオドを挟み記述します。例えば、OReFiLに、「pathway」という語が、MEDLINEのタイトルもしくはアブストラクト中に含まれるものを検索させたいときには、クエリを、「pathway.tiab」とします。
OReFiLは検索エンジンとしてLemur Toolkit(indri)を用いていますので、詳細は当該ツールキットのページ(http://www.lemurproject.org/lemur/IndriQueryLanguage.php)をご覧ください。
これは対象となるウェブサイトを巡回してページを取得するプログラム(以下、巡回プログラムといいます)が、サイトからhttpステータスコードの404(File not found)を返された場合に表示されます。 この場合、対象となるウェブページが削除された可能性が高いです。ただし、何らかの理由で一時的にページが存在しないだけのこともあり得ます。 また、この表示がなされるエントリを検索結果に含めないようにするために「存在しないと思しきリソースは隠す」ボックスを選択できます(初期値として表示しない仕様になっています)。
これは巡回プログラムが対象ウェブページの取得に失敗した(httpステータスコードが5xx)際に表示されます。
サーバーが混んでいたり、ネットが混んでいたりと様々な理由が考えられますが、対象ページが削除されている可能性は低いので、検索結果としてこの表示がなされていたとしても、実際にハイパーリンクをクリックすると、問題なく対象ページを閲覧出来ることがあります。
これは巡回プログラムが対象ウェブページのタイトルを認識できなかった際に表示されます。従って、巡回プログラムは少なくとも対象ページの内容は取得しており、検索する際の索引に反映されていることを意味しています。
上記以外の理由で巡回プログラムが対象ページを取得できなかった際に表示されます。巡回プログラムが対象サイトから返されたhttpステータスコードとメッセージが表示されます。
検索結果に含まれるMEDLINEエントリに付されたMeSH記述子(Majorトピックのみ)及びそのMeSH階層での祖先を、その頻度が文字の大きさに反映されるように、そしてアルファベット順に表示します。 各MeSH記述子をクリックすることにより、次に絞込み検索を行うための条件指定が行えます。 ここに表示されている、あるMeSH記述子(及びその子孫)を付されたMEDLINEエントリを含むものだけに現検索結果を絞り込みたいときには、当該記述子をクリックし、続いて検索ボタンをクリックします。 既に条件指定している記述子を再びクリックすると、その条件が解除された状態となります。
オンライン資源を引用している論文のうち、最新のものの出版日(Publication Date)が表示されています。
オンライン資源の平均評価、評価数、コメント数が表示されています。
各検索結果に含まれるMEDLINEエントリに付されたMeSH記述子のうちMajorトピックとなっているものが羅列されます。
当該リソースページのURLを含むPubMedのエントリー数を示します。それぞれのエントリーの情報は別ページに表示されます(下記PubMed エントリー参照)。
"Show details"をクリックすると更に以下の情報が表示されます。
ここにリストアップされているリンクをクリックすることにより、各検索エンジン提供者(すなわち、GoogleもしくはYahoo)により発見された、OReFiL検索でヒットした当該リソースページにリンクしているウェブページのリストを取得することが出来ます。
ここにリストアップされているリンクをクリックすることにより、各オンラインジャーナル提供者の検索システムを用いて、対象ジャーナル中で出現する、OReFiL検索でヒットした当該リソースページのURLを見つけることが出来ます。
OReFiL検索でヒットした当該リソースページのURLをタイトルもしくはアブストラクト、更にはBMCジャーナルの場合はフルペーパー中に含む論文のタイトルリストであり、各タイトルは対応するPubMedエントリへのハイパーリンクとなっています。 また、タイトルの右側にあるアイコンは対応するフルペーパーへのリンクになっています。
各オンライン資源の詳細情報ページへのリンクです。
このページでは、検索結果で表示される情報に加えて、他ユーザのコメント一覧などが表示されます。
正確には、「ブラインド(もしくは偽)適合性フィードバック」と呼ばれている手法で、経験的により良い検索結果が得られることが知られています。
その仕組みを簡単に説明すると、一度通常の検索を行い、続いて、今行った検索結果で上位に含まれるエントリを考慮してクエリを内部的に生成し、再び検索するものです。
恐らくPubMedに索引付けされている論文のタイトルもしくはアブストラクト中(BMCジャーナルであれば、フルペーパー中の、OReFiLが対象としているセクション中も含む)にあなたのページのURLが記述されていないからだと思います。もしよろしければ、当方まで、PMIDとURLをご連絡いただけましたら幸いです。
以下の2つの方法でソート順序を指定します。
検索結果のソート指定として以下の方法があります。
「新着エントリーのみ表示」にチェックを入れると、現在表示されている検索結果の中から、新着オンライン資源のみを表示します。
チェックを外すと元に戻り、全ての検索結果を表示します。
OReFiL システムにサインインするには、DBCLS OpenID アカウントが必要になります。
DBCLS OpenID アカウントは以下の URL で取得することが可能です。
https://openid.dbcls.jp/account/signup
OReFiL システムへサインインする場合は、画面右上の "DBCLS OpenID URL:" と記載された入力欄に DBCLS OpenID の OpenID URL を入力して、"サインイン" ボタンをクリックして下さい。
その際に、場合によっては DBCLS OpenID サービスの画面が開き、認証などを求められますので、サイトの指示に従って認証を行って下さい。
OReFiL システムからサインアウトする場合は、右上の "サインアウト" アンカーをクリックしてください。
クリック後サインアウトされます。
オンライン資源に対してレーティングを行う場合は、まずサインインを行って下さい。
サインインの後、検索結果のオンライン資源、もしくは各オンライン資源 詳細情報ページにて、"Your Rate:" 項目が付加されます。
レーティングを行うには、自分の付けたい星の上にマウスカーソルを合わせてクリックしてください。
クリック後、レーティングがサーバに登録されます。
"Your Rate:" 項目に表示されている "×" ボタンをクリックしてください。
レーティングの登録がキャンセルされます。
オンライン資源に対してコメントを行う場合は、まずサインインを行って下さい。
サインインの後、検索結果のオンライン資源、もしくは各オンライン資源 詳細情報ページにて、"Your Rate:" 項目が付加され、星印の右に "コメントを追加..." というアンカーが付加されます。
コメントの追加を行うには、"コメントを追加..." アンカーをクリックし、コメント入力欄を表示させて下さい。
コメント入力欄にコメント記載したら、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントがサーバーに登録され、入力したコメントが新たに画面に表示されます。
コメントの下に表示されている、"コメントを編集..." アンカーをクリックし、コメント編集欄を表示させて下さい。
そこに表示されているコメントを修正して、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントがサーバーに登録され、修正したコメントが画面に表示されます。
コメントの下に表示されている、"コメントを編集..." アンカーをクリックし、コメント編集欄を表示させて下さい。
そこに表示されているコメントを全て消して、入力欄右下の "登録" ボタンをクリックして下さい。
クリック後、コメントが削除され、コメント表示が無くなり、コメントを追加する画面が表示されます。
オンライン資源 詳細情報ページを開いて下さい。ページ下部に最新のコメントが表示されます。
"MeSH terms" の横にある入力欄にフィルタしたい語を指定してください。
入力した語を含む MeSH terms だけが表示されるようになります。
Atom 形式）
/search.atom?query=genome
RSS 形式）
/search.rss?query=genome
Atom 形式)
/search/new.atom
RSS 形式)
/search/new.rss
Atom 形式）
/online_resource/4980.atom
RSS 形式）
/online_resource/4980.rss
Atom 形式）
/online_resource/new/4980.atom
RSS 形式）
/online_resource/new/4980.rss
RSS は バージョン 0.91 で配信しており、エントリー毎に更新日をのせる事ができません。 エントリー毎に更新日が必要な場合は、Atom を取得するようにしてください。
画面右上にある、「English」もしくは「日本語」と書かれたボタンをクリックしてください。 現在メニュー表示が日本語であれば「English」のボタンで英語メニューに、逆にメニュー表示が英語であれば「日本語」のボタンで日本語メニューに切り替わります。
また、直接 URL のホスト指定の後に /en/ や /ja/ などを指定することで、言語設定を切り替えることもできます。 言語指定が無い場合は、ブラウザの設定に応じて言語を選択します。(ACCEPT_LANGUAGE)
/en/search?query=genome
Taverna 1.7.0 以前には SOAP 機能に問題があり、OReFiL の SOAP API を利用する事ができません。 最新の Taverna ではその部分が改善されております。
以前、東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻高木研究室(http://www.cb.k.u-tokyo.ac.jp/takagilab/index.html)に所属し、現在、ライフサイエンス統合データベースセンター(http://dbcls.rois.ac.jp/)に所属する山本泰智(情報理工学博士)です。